Merja Puuperä (s. Kuopiossa 1952) on helsinkiläinen kuvataiteilija. Hän opiskeli pukusuunnittelijaksi Lahden Taideteollisessa Oppilaitoksessa vuosina 1975 – 1978. Taidemaalariksi hän opiskeli Vapaassa Taidekoulussa 1990 – 1993.
Uransa alkuvuosina Puuperä suunnitteli neulemalleja ja seinävaatteita. Taidemaalarina hän on työskennellyt 1990-luvun puolivälistä alkaen. Hän on Taidemaalariliiton, Helsingin Taiteilijaseuran ja Espoon Kuvataiteilijoiden jäsen.
Väreillä ja tekstuureilla on keskeinen merkitys hänen työskentelyssään. Puuperä maalaa öljy- ja vesiväreillä. Maalaukset inspiroituvat luonnosta ja sen nyansseista.